Um Yuffie zu bekommen, müsst ihr nun zum schwarzen Tempel segeln (siehe Karte) und dort in den Wäldern rumlaufen. Es erscheint ab und zu ein Ninja.
Nach dem Kampf müsst ihr sie quasi ignorieren und ärgern, damit sie euch folgt. 
Mit Yuffie im Gepäck geht es nun nach Wutai!
Hier verabschiedet sie sich nun – schnell merkt ihr, dass ihr ohne Materia zurückgelassen worden seid. Durchquert das Gebirge, bis ihr auf ein kleines Dorf stoßt, Wutai!
In Wutai gilt es nun Yuffie zu finden. Schaut euch um und plündert die Truhe im Laden.
Als Nächstes geht es dann zu dem Haus auf der rechten Seite, schaut dort hinter die Umkleidewand.
Untersucht dann, neben dem Restaurant, den Krug und ihr habt es geschafft! 
Nun müsst ihr euch aus dem Käfig befreien, nutzt dazu einen der Hebel. 
Verlasst das Gebäude und geht in den kleinen Gang links unten rein, dort geht die Geschichte weiter.
Untersucht die Geheimgänge und schnappt euch alles, was die Kisten hergeben. Dann verlasst ihr Wutai nach hinten in die Gebirge.
Folgt dem Weg, bis ihr auf den altbekannten Don Corneo und die Damen trefft. 
Es folgt ein Bosskampf gegen Arca. Schützt eure Gruppe gegen Gift und Wind. Nutzt dazu Choco/Mog – Element und Bio – Zusatzwirkung in der Abwehr. Nutzt den MP-Vernichter von Barret, um die Boss MP zu senken, damit er nicht seinen Aero3 Zauber, welcher euch sonst definitiv töten wird, wirken kann. Nutzt ansonsten starke Angriffe, Limits und Demi Zauber, um hier ordentlich Schaden auszuteilen!
Nach dem Kampf folgt eine abschließende Szene und Yuffie gibt euch eure Materia zurück. 
Ihr könnt nun zusätzlich die Pagode erklimmen, um die Leviathan Materia zu erkämpfen. Beachtet aber, dass ihr alleine mit Yuffie antreten werdet und dies zu dem aktuellen Zeitpunkt sehr schwer werden kann. 
Also überlegt euch gut, ob ihr jetzt schon da rein wollt oder später mit einer gut gelevelten und ausgerüsteten Yuffie zurückkommen wollt, da die Belohnung zwar gut, aber nicht zwingend nötig ist. Ihr müsst insgesamt 4 Bosse hintereinander besiegen. Jeder hat seine Eigenarten, aber ist im Endeffekt mit einer starken Angriffskette keine allzu große Bedrohung.
Ich persönlich empfehle hier zu warten, um später mit einer Schleife und einer wesentlich besseren Waffe ausgestattet, noch einmal zurückzukommen. Allen anderen, viel Erfolg!