Nachdem die Gruppe wieder vollständig ist, geht es nun nach Junon. Dort geht ihr zum Lift und bezahlt die 10 Gil, um diesen nutzen zu können.
Dringt nun weiter vor und ihr bekommt Infos darüber, dass sich eine weitere “Große Materia” in Rocket Town befindet und eine hier ist. 
Also folgt dem Weg zum Unterwasserreaktor und kämpft euch durch.
In diesem Tunnel findet ihr einen Gegner, der aussieht wie ein Geisterschiff. Diesen müsst ihr schwächen und mit dem Morph-Befehl verwandeln, so erhaltet ihr einen Reiseführer.
Diesen benötigt ihr später als Tausch-Item für die Unterwasser-Materia. 
Lauft nun immer weiter, bis ihr von Shinra mit einer Maschine aufgehalten werdet, dies ist euer nächster Boss! 
Attackiert den Boss mit euren stärksten Beschwörungen und Blitz-Zaubern, um die Arme zu zerstören und zeitgleich auch den Hauptkörper zu verletzen. Schützt euch mit den Barrieren, Hast und Regena, um den Angriffen des Bosses standhalten zu können. Fokussiert euch unbedingt auf die Arme, da diese eure Spieler aus dem Kampf nehmen können! Bevor ihr nun das U-Boot betretet, sammelt die ganzen Kisten ein!
Besonders die Leviathanschuppen hier sind wichtig, um später in Wutai die Flammen zu löschen, um weitere Items und Materia zu erhalten!
Wenn ihr das U-Boot betreten habt, bekommt ihr eine Unterweisung für das folgende Minispiel. 
Hier müsst ihr in der vorgegebenen Zeit das rote U-Boot zerstören, damit ihr die “Große Materia” bergen könnt.
Schafft ihr es nicht, ist diese Materia verloren! 
Nun habt ihr dauerhaft die Kontrolle über das U-Boot und könnt einige Dinge auf der Welt erforschen.
An dieser Stelle findet ihr einen Schlüssel, der aussieht wie ein Trichter aus Knochen. Sammelt diesen ein, um euch später den Weg zu sparen (siehe Karte).
Taucht ihr hier auf (die Stelle ist am Ende eines Unterwassertunnels), solltet ihr mit Vincent den Wasserfall betreten.
Dort erhaltet ihr eine kurze Unterhaltung, die wichtig ist, um später auf CD 3 Vincents Ultima Waffe und Limit zu erhalten. 
Es folgt eine Reise in Vincents Vergangenheit.
Im Westen des großen Unterwassergebietes, wo eine grüne Weapon umherschwimmt, findet ihr ein versunkenes Schiff. Dort findet ihr allerhand Items und Materia. 
Nach einem recht einfachen Kampf gegen Rude und Reno, könnt ihr euch nun an die Plünderung des Flugzeugs machen. Achtet wirklich darauf, alles eingesammelt zu haben! Die Hades Materia ist hier wohl das Wichtigste neben dem finalen Limit von Cid.
Habt ihr nun alles soweit erforscht, könnt ihr euch auf die Suche nach dem roten U-Boot machen und die “Große Materia” bergen (siehe Karte).
Zu guter Letzt warne ich euch zu diesem Zeitpunkt vor der grünen Weapon.
Es ist Smaragd-Weapon und ihr könnt sie normalerweise zu diesem Zeitpunkt noch nicht besiegen. Solltet ihr ausversehen in sie reinschwimmen, dann…(siehe Bild).