Nun geht es aber endlich zur Hauptgeschichte zurück!
Begebt euch zum Gold Saucer und betretet den Battle Square. Geht rechts in den kleinen Raum und ihr erblickt den Schlüsselstein. 
Dio spricht euch kurz darauf an und ihr landet später mit den anderen im Hotel. 
Nach einer längeren Unterhaltung folgt ein Date mit einem eurer Gruppenmitglieder. Welches genau es ist, liegt an diversen Entscheidungen im Spielverlauf. 
Nach der Fahrt mit der Seilbahn bemerkt ihr Cait Sith, der den Schlüsselstein geklaut hat. 
Folgt diesem zur Chocobo Square, wo sich ein unschönes Ende anbahnt. 
Nach all den Ereignissen müsst ihr letztendlich zum schwarzen Tempel reisen (siehe Karte).
Dort angekommen bemerkt ihr bereits die ersten Unruhen. Es folgen nun eine Reihe kleiner Rätsel und verworrene Gänge. Schnappt alles, was es zu schnappen gibt und kämpft euch durch den Tempel. 
Wenn ihr an einer Uhr ankommt, könnt ihr mit den Tasten die Zeiger bewegen, ihr solltet dabei unbedingt die folgenden Gänge ablaufen: III, V, VII, VIII. 
Vor allem der 5te Raum ist sehr wichtig, da er euch ein Accessoire gibt, welches euch vor vielen negativen Zuständen schützt. 
Im letzten Abschnitt müsst ihr nun den kleinen Mann einfangen. Lauft dazu die Gänge ab, bis ihr ihn erwischt. Schaut euch die Routen an und lauft ihm entgegen. 
Danach solltet ihr bei ihm speichern und die Tür betreten. Es folgen einige Gespräche. 
Nun müsst ihr gegen euren nächsten Boss antreten, den roten Drachen. 
Schützt euch mit allem, was euch gegen Hitze schützt. Nutzt Bio und die Gift – Zusatzwirkung in der Waffe, um den Drachen zu vergiften, was euch einiges an Arbeit abnimmt. Mit Odin und Wasserangriffen (Leviathan – Element in Waffe) könnt ihr zusätzlichen Schaden austeilen. Vermeidet außerdem Demi Zauber, da diese wirkungslos sind. 
Sammelt nach dem Kampf die Beschwörungsmateria Bahamut auf und geht an den Pult. 
Nach einer kleinen Unterhaltung sollt ihr nun aus dem Tempel flüchten. 
Doch da kommt euch das Dämonentor in die Quere, ein weiterer Boss! 
Dieser Kampf ist ziemlich hart und wird euch nach einer bestimmten Zeit auch direkt töten, also ist hier Eile geboten! Zaubert “Schnell” und “Regena” auf die Gruppe und geht mit Aeris in die hintere Reihe. Nun müsst ihr, so schnell und gut es geht, angreifen und eure Beschwörungen nutzen. Odin und Bahamut werden euch hier eine gute Hilfe sein! 
Nach dem Kampf folgt die Flucht aus dem Tempel und es geht zum nördlichen Kontinent.